Giải thích của bà Helms cho lá cờ tự hào bà tạo ra:[10]

"Sọc trên và dưới có màu xanh nhạt, màu truyền thống dành cho bé trai. Các sọc kế tiếp có màu hồng, màu truyền thống dành cho bé gái. Sọc ở giữa có màu trắng, dành cho những ai là người liên giới tính, đang chuyển giới hoặc cho rằng bản thân có giới tính trung lập hoặc không xác định. Kiểu mẫu này dù bạn cho cờ bay theo cách nào thì vẫn sẽ không bao giờ sai, biểu thị rằng chúng ta đang nhận ra cái đúng của cuộc đời mình."

Năm 1999, Monica Helms đã gặp mặt người tạo ra lá cờ tự hào của người song tính, Michael Page. Page nói với bà: "Bà biết đấy, người chuyển giới cũng cần có cờ riêng chứ!" Bà Helms đã đưa ra nhiều ý tưởng nhưng anh ta gợi ý càng thiết kế đơn giản càng tốt, vì sẽ càng đỡ tốn tiền gia công.[6] Và thế là lá cờ tự hào của người chuyển giới ra đời. Lá cờ được treo lần đầu tiên tại buổi diễu hành tự hào ở Phoenix, Arizona vào năm 2000.[10] Ngày 19 tháng 8 năm 2014, Helms đã tặng lại lá cờ tự hào chuyển giới nguyên bản cùng những kỷ vật thời phục vụ hải quân cho bảo tàng Lịch sử Tự nhiên Quốc gia Hoa kỳ của viện Smithsonian.[11]

Bà Helms thành lập Hiệp hội Cựu chiến binh Hoa Kỳ chuyển giới (TAVA – Transgender American Veterans Association) vào năm 2003 và giữ chức chủ tịch cho đến năm 2013. Vào ngày 1 tháng 5 năm 2004, TAVA đã tài trợ cho Cuộc tuần hành của Cựu chiến binh chuyển giới đến Bức tường dài. Năm mươi cựu chiến binh chuyển giới đã đến Washington, D.C. và thăm Đài tưởng niệm chiến tranh Việt Nam để tri ân những người mà họ biết có tên được khắc trên bức tường dài tưởng niệm. Họ cũng đã làm nên lịch sử khi trở thành những người chuyển giới công khai đầu tiên đến đặt vòng hoa tại Lăng mộ của những người khuyết danh. Năm 2005, họ cũng đã quay lại đó một lần nữa.[8]

Kể cả cho thên bây giờ, bà Helms vẫn tiếp tục vận động cho quyền lợi của các quân nhân và cựu chiến binh chuyển giới.

Bà được bầu làm đại biểu tham dự Đại hội đại biểu toàn quốc Đảng Dân chủ năm 2004 tại Boston, Massachusetts. Bà là người chuyển giới đầu tiên được Georgia bầu tham gia sự kiện này.[12]

Vào tháng 6 năm 2019, để đánh dấu kỷ niệm 50 năm cuộc bạo loạn Stonewall, một sự kiện được nhiều người coi là bước ngoặt trong phong trào đấu tranh cho quyền lợi của cộng đồng đa dạng giới và tính dục hiện đại, Queerty đã vinh danh bà là một trong 50 gương mặt tự hào (Pride50) với danh hiệu "cá nhân tiên phong tích cực đảm bảo xã hội luôn hướng tới bình đẳng, chấp nhận và nhân phẩm cho tất cả những người queer".[13]